Moldavīts radās milzīga meteorīta triecienā pirms gandrīz 15 miljoniem gadu.
Pirms aptuveni 14,8 miljoniem gadu tagadējās Bavārijas teritorijā Vācijā ietriecās meteorīts un izveidoja ap 24 km platu Nērdlingenes Rīsa krāteri. Trieciena karstumā izkusušie ieži tika izsviesti pat 450 km tālu un sastinga zaļā dabīgā stiklā. Tāpēc moldavīts nav meteorīta gabals, bet gan Zemes ieži, ko izkausēja trieciens.
Nosaukums cēlies no Vltavas upes vāciskā vārda.
1786. gadā Prāgas universitātes profesors Jozefs Maijers zinātniekiem prezentēja zaļos akmeņus no Tīnas pie Vltavas kā "hrizolītus". 1836. gadā tos nosauca par moldavītiem pēc Vltavas upes vāciskā nosaukuma Moldau. Pirms tika saprasta to dabiskā izcelsme, daži tos uzskatīja par Bohēmijas stikla darbnīcu izdedžiem.
Akmens laikmeta cilvēki no moldavīta darināja rīkus.
Mūsdienu Čehijas un Austrijas teritorijā aizvēsturiskie cilvēki no moldavīta šķēla asus rīkus. Daļa šo atradumu attiecas uz oriņakas kultūru, aptuveni 43 000 līdz 26 000 gadu senā pagātnē. Tektītus, arī moldavītu, kopš aizvēstures izmantoja rotām un rituāliem.
Krāterī, kur dzima moldavīts, trenējās Apollo astronauti.
Nērdlingenes pilsēta atrodas pašā Rīsa krāterī, un tās celtnes būvētas no suevīta, iežiem, kas radās meteorīta triecienā. 1970. gada augustā šeit trenējās Apollo 14 astronauti Alans Šepards un Edgars Mičels, lai iepazītu trieciena iežus pirms lidojuma uz Mēnesi. Vēlāk krāterī mācījās arī Apollo 17 apkalpe.